Dados sus ideales, fue puesto al servicio del bondadoso Obispo de Burgos, Alfonso de Cartagena, quien le ordenó de sacerdote. Había sido educado con los monjes benedictinos, demostrando muy buena inclinación hacia el sacerdocio, por lo que el señor obispo lo hizo seguir los estudios sacerdotales y después de ordenado sacerdote lo nombró secretario y canónigo de la catedral. No le satisfizo tampoco la vida curial, ni le retuvo en Burgos una promesa de una canongia, un beneficio eclesiástico. Estos cargos honoríficos no le agradaban, y pidió entonces ser nombrado para una pobre parroquia de arrabal.

Pero a los 33 años, Juan entró en crisis. No se sentía a gusto en la viña del Señor sin trabajar en ella. Con ansias de una mayor entrega a Dios, pasó a Salamanca, donde al mismo tiempo que continuaba sus estudios, se dedicó intensamente a la predicación. Después de varios años de sacerdocio, sintió el deseo de especializarse en teología y se matriculó como un estudiante ordinario en la Universidad de Salamanca. Allí estuvo cuatro años hasta completar todos sus estudios teológicos. Al principio era bastante desconocido pero un día fue invitado a hacer el sermón en honor de San Sebastián, patrono de uno de los colegios, y su predicación agradó tanto que empezó a ser muy popular entre la gente de la ciudad.

Fue así como, al morir el obispo, cambió el rumbo de su vida. Deseando realizar mejor su ideal de perfección, ingresó en la Orden Agustiniana, el 18 de junio de 1463, emitiendo sus votos el 28 de agosto de 1464. Y sucedió que le sobrevino una gravísima enfermedad con serio peligro de muerte y no había más remedio que hacerle una difícil operación quirúrgica (y con los métodos tan primarios de ese tiempo). Fue entonces cuando prometió a Dios que si le devolvía la salud mejoraría totalmente sus comportamientos y entraría de religioso. Dios le concedió la salud y Juan entró de religioso agustino.

En el noviciado lo pusieron a lavar platos y barrer corredores y desyerbar campos, y siendo todo un doctor, lo hacía todo con gran humildad y total esmero. Después lo pusieron a servir el vino a la comunidad, y todavía se conserva la vasija con la cual hizo el milagro de que con un poco de vino sirvió a muchos comensales y le sobró vino. En cumplimiento de sus deberes, en penitencias, en obediencia y en humildad, no le ganaba ninguno de los otros religiosos.

El convento de los padres Agustinos en Salamanca tenía fama de gran santidad, pero desde que Juan de Sahagún llegó allí, esa buena fama creció enormemente. Era un predicador muy elocuente y sus sermones empezaron a transformar a las gentes. En la ciudad había dos partidos que se atacaban sin misericordia y el santo trabajó incansablemente hasta que logró que los cabecillas de los partidos se amistaran y firmaran un pacto de paz, y se acabaron la violencia y los insultos.

Los biógrafos dicen que Fray Juan era un hombre de una gran amabilidad con todos, devotísimo del Santísimo Sacramento y muy amigo de dedicar largos ratos a la oración. Las gentes cuando lo veían rezar decían: "parece un ángel". El estudio que más le agradaba era el de la Sagrada Biblia, para lograr comprender y amar más la palabra de Dios. A veces gastaba todo el día visitando enfermos, tratando de poner paz en familias desunidas y ayudando a gentes pobres y hasta se olvidaba de ir a comer.

Algunos lo criticaban porque en la confesión era muy rígido con los que no querían enmendarse y se confesaban sólo para comulgar, sin tener propósito de volverse mejores. Pero su rigidez transformó a muchos que estaban como adormilados en sus vicios y malas costumbres. Confesarse con él era empezar a enmendarse.

Otro defecto que le criticaban sus superiores era que tardaba mucho tiempo en celebrar la Santa Misa. Pero para ello había una explicación: y es que nuestro santo veía a Jesucristo en la Sagrada Eucaristía y al verlo se quedaba como en éxtasis y ya no era capaz por mucho rato de proseguir la celebración. Pero las gentes gustaban de asistir a sus misas porque les parecían más fervorosas que las de otros sacerdotes.

San Juan de Sahagún predicaba muy fuerte contra los ricos que explotan a los pobres. Y una vez un rico, amargado por estas predicaciones, pagó a dos delincuentes para que atalayaran al santo y le dieran una paliza. Pero cuando llegaron junto a él sintieron tan grande terror que no fueron capaces de mover las manos. Luego confesaron muy arrepentidos que los había invadido un temor reverencial y que no habían sido capaces de golpearlo.

Lleno de humildad y sinceridad, fue un infatigable predicador. Se dedicó de lleno al apostolado, con la predicación al pueblo sencillo, la promoción de la paz y de la convivencia social, siempre en defensa de los oprimidos y de sus derechos conculcados, como defensor de los derechos de los humildes y trabajadores.

“Si me preguntase acerca del comportamiento de fray Juan en relación con los pobres y afligidos, con viudas y niños explotados, con los necesitados y los enfermos, deberé responder que ya de naturaleza se mostraba habitualmente impelido a ayudar a todos con palabras o con limosnas. Y puso particular interés en conducir a todos a la paz y a la concordia después de haber apagado enemistades y desavenencias. Viviendo en Salamanca, encontrándose la entera ciudad dividida en bandos a causa de divergencias civiles, consiguió evitar muchas luchas sangrientas” según un testimonio de uno de sus contemporáneos.

“¡Padre, no has sabido frenar tu lengua!”... “Señor Duque, dígame para qué he subido al púlpito, ¿para anunciar la verdad a cuantos me escuchan o para adularlos vergonzosamente?”. Este tenso diálogo tuvo lugar entre el indignado duque de Alba, presente en la función religiosa, y el agustino fray Juan de Sahagún, que había pronunciado el sermón.

Aquel día el padre Juan, aprovechó la presencia en la iglesia de muchos nombres de la ciudad y de las autoridades civiles para denunciar el mal gobierno de la administración y las injusticias perpetradas por los poderosos con daño a las personas más débiles, los latrocinios más o menos encubiertos, los fomentadores de banderías, y la opresión a los súbditos. En Salamanca, Juan se había convertido en punto de referencia segura para todos. El público se sentía atraído por el predicador “amable”, pero la vez valiente y justo.

En un pueblo habló muy fuerte contra los terratenientes que no pagaban lo debido a los campesinos y desde entonces aquellos ricachones no le permitieron volver a predicar en ese pueblo.

Sus preferidos eran los huérfanos, los enfermos, los más pobres y los ancianos. Para ellos recogía limosnas y buscaba albergues o asilos. A las muchachas en peligro les conseguía familias dignas que les dieran sanas ocupaciones y las protegieran.

Debido a sus reiteradas tentativas a favor de la pacificación, en 1476 los nobles de Salamanca firmaron un solemne pacto de perpetua concordia. La fuerza y el valor en sus actuaciones lo sacaba de la eucaristía, que celebraba diariamente con extraordinaria devoción.

Hizo frecuentes milagros, y obtuvo con sus oraciones que a Salamanca la librara Dios, durante la vida del santo, de la peste del tifo negro, que azotaba a otras regiones cercanas. Un joven se cayó a un hondo pozo. Fray Juan le alargó su correa y, sin saber cómo, salió el joven desde el abismo, prendido de la tal correa. La gente se puso a gritar "¡Milagro! ¡Milagro!", pero él se escondió para no recibir felicitaciones.

Salamanca sufría un terrible verano. Él les anunció que con su muerte llegarían lluvias abundantes. Y así sucedió: apenas murió, enseguida llegaron muy copiosas y provechosas lluvias.

Y sucedió que un hombre, que tenía una amistad de adulterio con una mala mujer, al escuchar los sermones de Fray Juan, se apartó totalmente de tan dañosa amistad. Entonces aquella pérfida y malvada exclamó: "Ya verá el tal predicador que no termina con vida este año". Y mandó echar un veneno en un alimento que el santo iba a tomar. Desde entonces Fray Juan empezó a enflaquecerse y a secarse, y en aquel mismo año de 1479, el santo predicador murió de sólo 49 años.

Fue devotísimo de la Eucaristía. Murió en Salamanca, el 11 de junio de 1479. El proceso acerca de su vida y virtudes se concluyó con la beatificación, en 1601, y con la canonización, que tuvo lugar en 1690. Las reliquias del santo se conservan en la catedral nueva de Salamanca, ciudad llena de lugares cuyos nombres recuerdan los portentos obrados por el santo en vida y después de muerto. A su muerte, dejaba la ciudad de Salamanca completamente transformada, y la vida espiritual de sus oyentes renovada de manera admirable.

La Provincia Agustiniana del Stmo. Nombre de Jesús de España le tiene como patrono.

¡Que Dios nos mande muchos valientes predicadores como San Juan de Sahagún!

Dijo Jesús: “El que pierda su vida por mí en este mundo, la salvará para la vida eterna” (Jn. 12, 25).