La sala principal del Museo se encuentra instalada en un local de 239 m2 que forma parte del conjunto de construcciones realizadas en el s. XVIII. Durante doscientos años fue despensa y graneros de la abadía. Se han respetado y restaurado todos los elementos arquitectónicos originales, destacando y potenciando las tres grandes arcadas centrales.

El acceso al Museo se realiza a través de un arco de medio punto desde el claustro principal, con lo que se encuentra dentro del recorrido habitual que realizan los visitantes de la casa. En el interior del local se ha creado un patio central que libera las arcadas y unas entreplantas a ambos lados a las que se accede por una escalera que distribuye con plataforma intermedia a media altura cada una de ellas. Los elementos arquitectónicos que se han introducido no afectan a la estructura original, pudiendo ser desmontados sin alteración de la obra antigua.

En el Museo se muestran:

Obras de orfebrería religiosa: custodias, cálices, copones, atriles, sacras, relicarios, etc. datadas entre los siglos XVI y XIX.

Una colección de marfiles, compuesta por piezas de elevado mérito entre las que destacan los llamados "marfiles hispano-filipinos", así denominados porque reproducen modelos españoles precedentes, que fueron realizados en Filipinas. Sus autores fueron los "sagleyes", chinos residentes en las islas, por lo que al influjo español se suman rasgos de la imaginería oriental budista.

Ornamentos eclesiásticos: casullas, dalmáticas, capas pluviales, frontales de altar, etc. Bordados con materiales nobles, sedas, rasos y terciopelos con hilo de oro y pedrería, realizados entre los siglos XVI y XIX.

Diversos pinturas seleccionadas de la colección del monasterio, compuesta por más de 100 obras (sobre lienzo, cobre y tabla), fechadas entre el XVI y el XVIII. Destacan las firmadas por: Bartolomé Murillo, José de Ribera, Fabrizio Santafede, Wensel Cobergher, Juan Bautista Cavagna, Girolamo Imperatore, Ignacio de Prado, Francisco Camilo, Francisco Collantes, Hernando de Avila y Mateo Cerezo.

Algunas esculturas entre las que sobresalen algunas obras del taller de Gregorio Fernández y algunos alabastros anónimos de finales del s. XV.

Otro de los tesoros del Monasterio lo componen los locales dedicados a numismática. A ellos se accede desde el Claustro Procesional y la Sacristía Mayor. La colección se expone en dos salas, con una superficie cercana a los 50 m2. La primera de ellas, construida en el siglo XII, está cubierta con bóveda de medio cañón y conserva restos románicos en sus muros. La segunda, construida en el siglo XVII, comunicada con la anterior y cubierta con bóveda de tres cuerpos, conserva el magnífico lavabo de mármol, piedra y alabastro realizado en el siglo XVIII, así como frescos de época en alguno de sus muros.

En ambas salas se han instalado 15 vitrinas donde se expone una parte representativa de la colección numismática que se compone de 10.793 monedas catalogadas y unas 3.000 pendientes de catalogación. Las cifras, siempre frías, dan una visión global; los expertos preferirán contemplar las monedas mismas acuñadas en las cecas ibéricas o celtibéricas de Abdera, Sagunto, Aregrada, Cartagonova, Carteya, Clunia, Corduva, Gadir, Ilerda, Itálica, Malaca, Nortobriga, Segobriga, Tarraco, etc. O las acuñadas bajo el imperio de Adriano, Calígula, César Augusto, Claudio, Constantino I, Diocleciano, Galba, Germánico, Julio César, Majencio, Nerón, Teodosio, Tiberio, Tito, Volusiano, etc. Y tantas otras: bizantinas, visigóticas, de las monarquías medievales españolas, rarezas como las procedentes de la dinastía helénica que gobernó en Palestina durante el siglo I a. de Xto., o las acuñadas por las dinastías imperiales chinas.